2016年4月12日 星期二

[傑森] Rotation Project 2

目測是個相當難做的實驗,不太清楚到底能釣魚到什麼東西......

前傳:總之有個叫作Raj的免疫所 MD PhD 留下了這個神奇的project......

這傢伙啊,把各種stress source拿去搞HeLa (個人對於搞HeLa這件事情不是很安心,畢竟cancer cell line我覺得不是模擬一般細胞的好東西,但也可能我的認知錯誤) 發現其中一個stress後的細胞會產生某個神奇的二次代謝物可以去刺激免疫細胞有免疫反應。這件事情的確蠻有趣的,但這個分子到底怎麼生出來的就很玄了,這東西目測非常像塑膠,也的確塑膠類製品有這個,而他的單體adipate跟ethylene glycol都有可能是stress後的產物,所以咱家傑森很想知道是什麼酵素製造這個奇怪的東西的(並且懷疑這東西可能是新的生物大分子)。

所以,我的project就是把這個protein釣出來,這不是普通難我覺得......

我目前還沒怎麼找到代謝物可以用這個方法pull down的,尤其酵素要是個好傢伙產物dissociation不能太慢啊,因此

方法一:用很像的polymer黏到resin上面做pull down assay => 我覺得不是個好方法,並且.....PS resin超級黏,incubation根本超難做。總之我覺得這個interaction太弱了,釣魚應該非常困難,明天就知道結果了lol

目前心理比較想搞

方法二:在代謝物身上裝diazirine,理論上只要有binding照UV應該就可以把他黏到酵素身上。目前有兩個想法,一個是裝整套代謝物的,另一個是裝半套,adipate留一個酸,我覺得這個版本還會是個受質有機會被酵素拿來用。但這個需要的合成我覺得要搞蠻久的,雖然有看到相關的publication,但就還要討論一陣子吧